溫州市氣象局的機(jī)構(gòu)規(guī)格為正處級(jí)，其機(jī)構(gòu)設(shè)置如下：
（1）內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)
溫州市氣象局內(nèi)設(shè)辦公室(政策法規(guī)科、雷電防御管理辦公室)、業(yè)務(wù)科技科、人事教育科、計(jì)劃財(cái)務(wù)科（科技服務(wù)科）4個(gè)職能科（室），機(jī)構(gòu)規(guī)格均為正科級(jí)。另設(shè)：溫州市氣象行政執(zhí)法支隊(duì)與溫州市氣象局財(cái)務(wù)核算中心，分別掛靠辦公室與計(jì)劃財(cái)務(wù)科。
（2）直屬事業(yè)單位
溫州市氣象局直屬科級(jí)事業(yè)單位4個(gè)：
溫州市氣象臺(tái)(溫州市海洋氣象臺(tái))、溫州市氣象信息中心（溫州市專業(yè)氣象臺(tái)）、溫州市氣象網(wǎng)絡(luò)中心（浙江農(nóng)網(wǎng)溫州分中心）、溫州市防雷中心。
（3）縣（市）氣象局（站）
溫州市氣象局下設(shè)9個(gè)縣（市）氣象局（站）：
溫州國(guó)家氣象觀測(cè)站、溫州氣象雷達(dá)站、樂清市氣象局、永嘉縣氣象局、洞頭縣氣象局、瑞安市氣象局、平陽(yáng)縣氣象局、文成縣氣象局、泰順縣氣象局，其機(jī)構(gòu)規(guī)格均為正科級(jí)。
⒉地方氣象機(jī)構(gòu)
經(jīng)地方編委批準(zhǔn)成立，由溫州市氣象局及下屬縣（市）氣象局管理的地方機(jī)構(gòu)：
溫州市防雷設(shè)施檢測(cè)所：由溫州市編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，人員編制在內(nèi)部調(diào)劑解決,與溫州市防雷中心合署辦公。
文成縣防雷設(shè)施檢測(cè)所：由文成縣編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，人員編制在內(nèi)部調(diào)劑解決，隸屬文成縣氣象局管理。
洞頭縣避雷檢測(cè)所：由洞頭縣編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，隸屬洞頭縣氣象局管理。
永嘉縣防雷設(shè)施檢測(cè)所：由永嘉縣編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，隸屬永嘉縣氣象局管理。
平陽(yáng)縣防雷設(shè)施檢測(cè)所：由平陽(yáng)縣編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，隸屬平陽(yáng)縣氣象局管理。
樂清市防雷設(shè)施檢測(cè)所：由樂清市編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，隸屬樂清市氣象局管理。
泰順縣防雷設(shè)施檢測(cè)所：由泰順縣編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，隸屬泰順縣氣象局管理。
瑞安市防雷設(shè)施檢測(cè)所：由瑞安市編制委員會(huì)批準(zhǔn)的自收自支的事業(yè)單位，人員編制在內(nèi)部調(diào)劑解決，隸屬瑞安市氣象局管理。
